Rumeli’nde gayr-i müslimlerle uğraşan Osmanlının aleyhine, durumu fırsat bilen Karamanoğlu-Candaroğlu ve Sivas’daki Kadı Burhâneddin’in ittifak yaptığı duyuldu. 1392’de Candaroğlu halledildi; İsfendiyaroğulları da Osmanlı’ya itaat etti. Kadı Burhâneddin ile olan savaş daha dehşetli idi. Yıldırım’ın oğlu Şehzâde Ertuğrul’un kumandasındaki Osmanlı ordusu, Çorum yakınlarında yenik düştü. Bu arada Yıldırım’ın kendisi Rumeli seferine devam ediyor ve 1392’de filozoflar diyarı olarak bilinen Atina Osmanlıya teslim oluyordu.

Bütün bu gelişmelerden rahatsız olan Macar Kralı Sigismund, üçüncü bir haçlı seferi hazırlığında idi. Gerçekten her çeşit düşman milletin yer aldığı 70.000 kişilik orduyla Tuna’yı geçerek Niğbolu’yu kuşattı ve düşman kuvvetler 130.000’e ulaştı. Ancak 25 Eylül 1396 tarihinde Avrupalıların asırlarca unutamayacakları Niğbolu Zaferi kazanıldı ve Yıldırım, artık Halife I. Mütevekkil tarafından Sultân-ı İklim-i Rum ve Sultân diye anılmaya başlandı. Üçüncü haçlı seferini fırsat bilerek yine Osmanlı topraklarına saldıran Karamanoğulları ise, nihâî dersi hak etmişlerdi ve gerçekten 1397’de Konya’ya giren Yıldırım eniştesi olan Karamanoğlu Beyini idam ettirdi ve Konya’yı Osmanlı Devleti’nin Karaman Eyâleti olarak ilan etti. Artık Anadolu birliği sağlanmış ve bütün Anadolu neredeyse Osmanlı Devleti’nin olmuştu. Rumeli’de Balkanlar Osmanlının hâkimiyetine girmişti.

İşte böyle bir dönemde Doğudan büyük bir tehlike geliyordu. Doğu Türkistan Hakanı Aksak Timur veya Timurlenk, fırtına gibi eserek Doğu Anadolu’yu tehdit ediyor ve memleketleri ellerinden alınan ve Osmanlıdan memnun olmayan Anadolu beyleri Timur’u tahrik ettikleri gibi, Timur’un düşmanları olan bazı beyler de Yıldırım’a sığınmış bulunuyorlardı. Timur nazik sayılabilecek bir üslupla Yıldırım’dan bu beyleri salı-vermesini ve kendisine tabi olmasını, şartlarının kabulü halinde, gayr-i müslimlerle olan cihadını takdir ettiği Osmanlı ordusuna yardım edeceğini ifade eden bir mektup gönderdi (Mektup, ‘Rum Meliki Yıldırm Bayezid’ diye başlamaktadır). Buna karşı Yıldırım’ın cevabı çok sert ve hatta hakaretâmiz oldu (Mektup, ‘Ey Timur denen parçalayıcı köpek ve Tekfurlardan daha kâfir olan adam’ diye başlamaktadır).

Neticede kaderin cilvesiyle Yıldırım’ın strateji açısından üstün görüldüğü uğursuz Ankara Meydan Muharebesi meydana geldi ve 28 Temmuz 1402 tarihinde Osmanlı ordusu yenik düştü ve Padişah esir alındı. Bu hadiseyle Osmanlı Devleti, cihan devleti olmaktan çıkmış ve yeniden başa dönmüştü. Zira bu savaşı takip eden yıllarda, 8 yıl kadar Anadolu’da kalan Timur buralarda terör estirdi ve eski beylere beyliklerini tamamen iade etti. 3 Mart 1403’de, bazı tarihçilerin ileri sürdüğü gibi intihar ederek değil, sıkıntıdan doğan bir kaç çeşit hastalığa dayanamayan Yıldırım vefat etti ve Osmanlı Devleti için Fetret Devri denen ara dönem başladı.

Yıldırım Bâyezıd devrinin ileri gelen devlet adamları arasında, iyi bir devlet adamı olmakla beraber takvâ cihetinden zayıf olduğu ittifakla açıklanan Çandarlı Ali Paşa, Timurtaş Paşa, Süleyman Paşa, İshak Bey ve Mihal oğlu Muhammed Bey zikredilebilir. Onun devrindeki âlimlerden ise, Şemseddin Fenari, oğlu Muhammed Şah Fenari, Hâfızuddin Muhammed Kürdî, Şeyh Kutbuddin İznikî ve Şihâbüddin Sivasî unutulmamalıdır. Devrinin Horasan erenlerinin başında, Emir Sultân denen Bâyezid’in damadı Şemseddin Muhammed Huseynî, Hacı Bayram ve Şeyh Abdurrahman-ı Erzincanî gelmektedir. Mevlid yazarı Süleyman Çelebi de onun zamanındaki en büyük şairlerdendir.

ZEVCELERİ: 1- Germiyanoğlu Devlet Şah Hâtun; İsa, Mustafa ve Musa’nın annesi. 2- Devlet Hâtun; Yine Germiyanoğlu olduğu söylenen ve Sultân Mehmed Çelebi’nin annesi ve ilk Vâlide Sultân. 3- Hafsa Hâtun; Aydınoğlu İsa Bey’in kızı. 4- Sultân Hâtun; Dulkadiroğlu Süleyman Şah kızı. 5- Marya (Olivera Despina) Hâtûn; Sirbistan Kralı Lazar’ın kızı. ÇOCUKLARI: 1- Ertuğrul Çelebi. 2- İsa Çelebi. 3- Mustafa Çelebi (Tartışmalıdır). 4- Büyük Musa Çelebi. 5- İbrahim Çelebi. 6- Kâsım Çelebi. 7- Yusuf Çelebi. 8- Hasan Çelebi. 9- Erhondu Hâtun. 10- Fatma Hâtun. 11- Paşa Melek Hâtûn. 12- Oruz Hâtûn. 13- Hundî Hâtûn. 14- Şehzâde Mehmed .