|
Bu
çalışma İngiltere’de bir orta öğretim
kurumu olan (Orta
okul düzeyinde!) St John's
öğrencilerinin 28
Şubat–04 Mart/2005 tarihinde İngiltere genelinde düzenlenmiş olan “Bilim Haftası Çalışmaları” kapsamında biyoloji
öğretmenlerinin rehberliğinde ve 1962 yılında canlı
hücrelerden DNA
ekstraksiyonunu ilk kez metotlaştıran ve bu çalışması ile
Fizyoloji dalında
Nobel Ödülü almış olan Biyofizikçi Rosalind
Franklin’in yöntemini uygulayarak
kivi DNA’sını aşağıdaki yöntemle esktakte ettiler.
Çalışmanın temel amacı,
öğrencilere, DNA’nın yapısı hakkında bilgi vermek ve nasıl elde
edilebileceğini
göstermekti.
DNA
ekstraksiyonu çalışmalarında kivinin
seçilmesinde diğer bazı meyveler, sebzeler ve hayvansal
hücrelerden önemli bir
avantajı vardı. Kivi, protease olarak adlandırılan enzimleri
(actinidin)
içerir. Aşağıdaki metotta protease’lar, hücre
çekirdeği içerindeki DNA
sarmalının hasara uğramamasını sağlayarak protein iskeletini kırmak
için kullanılır.
Diğer organizmalardan da DNA ekstrate edilebilir ancak, yukarıdaki
reaksiyonu
oluşturmak için protease enziminin ilave edilmesi gereklidir. Bu
nedenle kivi,
daha basit bir metotla DNA ekstraksiyonunu olanaklı kıldığı için
kullanılmıştır.
1.
Adım :
Bir
ekstraksiyon karışımı hazırlamak
İçinde
100 cm3 saf su
bulunan, 250 cm3 ‘lük bir behere; 2gr
NaCl ve 5ml sıvı temizleyici
(sıvı sabun) ilave edilir. Karışım
köpürtülmeden, tuz eriyene
kadar bir karıştırıcıda hafifçe
karıştırılır.
2.Adım :
Kivi
doğranır
Kivi
kabuğu ile birlikte dikkatlice (ezmeden)
küçük parçalara ayılır.
3.Adım :
Karışıma
İlave ve Isıtma
Dilimlenmiş
kivi
önceden hazırlanmış olan ekstraksiyon karışımına ilave edilir ve bir su banyosunda 15 dakika süreyle 60 oC’de
ısıtılır. Karışım, su banyosuna yerleştiril meden önce
köpürtmemek kaydıyla tekrar
hafifçe karıştırılır.
4.Adım : Karışımın süzülmesi
Saf DNA’yı
ekstrakte edebilmeniz için, çözünmeyen kivi
parçalarını uzaklaştırmanız
gereklidir. Bunun için, şekilde gösterildiği gibi (cam huni
ve filtre kağıdı ile)
basitçe filtre edilir. Elde edilen filtrat bir tüpe
aktarılır.
5.Adım :
DNA
İzolasyonu
DNA suda
çözülür.
Bu nedenle, kivi filtratını içeren tüp içerisine
soğutulmuş etanol yavaşça eklenmek
suretiyle DNA, filtrat ve etanol arasındaki bölgede
çökelecektir (tüp
içerisinde hava kabarcıkları şeklinde görülen yapı).
Ve
son
işlem olarak;
Bir
pipet
kullanılarak DNA etanol’den uzaklaştırılıp bir petri kabına aktarılır.
DNA
asidik özelliği nedeniyle, turnusol kağıdı ile test edilerek
tespit edilir. Asidik
bir bileşen olan DNA, mavi turnusol kağıdını, kırmızıya
dönüştürür.
Tercüme: Kamil
Engin İslamoğlu
Kaynak:http://www.st-johns.org.uk/sciclubweb/dna/extracting_dna.html
|
